수학·과학 영재학급은 수학이나 과학 분야에 뛰어난 재능과 잠재력을 가진 강원도 내 중학교 2학년 학생을 대상으로 2008년부터 현재까지 학생 수요 중심의 영재교육 및 영역 특성화를 통한 창의 융합형 인재를 육성하고 있다.

수업은 학기 중 토요일 오전에 진행되며, 여름방학에 집중이수 기간을 운영하여 다양한 심화 과정 탐구 실험의 기회를 제공하고, 토론식 수업을 통한 창의적인 사고 능력을 배양함으로서 수학과 과학에 대한 이해와 흥미를 부여한다.

또한, 30일에는 현장체험학습을 통해 자연을 주제로 한 강의와 탐구 활동으로 과학적 탐구력과 문제 해결 능력을 기르고, 같은 분야에 관심이 있는 친구들과의 협동성을 함양하는 기회를 갖는다.

강원과학고등학교는 매년 강원도내 중학교 2학년 학생(지원 자격은 현재 중학교 1학년)을 대상으로 수학 15명, 과학 15명으로 구성된 영재학급을 운영하고 있으며, 자세한 사항은 학교 홈페이지 영재학급 게시판을 통해 확인할 수 있다.